拍打式無菌均質器廣泛應用于食品微生物分析；動物組織、生物樣品、化妝品的均質處理；肉、魚、蔬菜、水果、餅干；藥品的微生物分析等。固體樣品中提取細菌的過程變得操作簡單，只需將樣品和稀釋液加入到無菌的樣品袋中，然后將樣品袋放入拍打式均質器中即可完成樣品的處理。減少了樣品的處理和準備時間，處理后的樣品溶液可以直接進行取樣和分析，沒有樣品的變化和交叉污染的危險。